: : 以前から思っていたのですけど、ゴール裏で勝手に旗ふっちゃっ
: : ていいんですか？今度のセレッソ戦に実はオリジナルの旗を用意し
: : てるんですが本当にふっちゃっていいんですか？

: いいんじゃないですか。大丈夫だと思いますよ。

もちろんいいと思います。
ただし、二上さんが書かれたようなことをきちんと考慮されての上のことです。
特に重要なのは、

: 旗の振り方にしても、試合中常時振っているわけではなく、
: ゴールが決まったときなど、節目節目の、タイミングをはかって
: 振っているみたいですね。

: 四六時中振っていると、観戦している人の邪魔になるからという
: 理由だった様な。

↑ですね。
振る場所にしても、旗の大きさや竿の長さをよく考えてください。
他の人の旗に当たったりしてトラブルの原因にならないように。
あと、上手に振っている人に振り方を教わったりしてみてはいかがでしょう？

で、これは老婆心なんですが、
旗を振る目的だけで競技場に行くのは勘弁してください。
「試合を楽しむ」「好きなチームを応援する」手段・方法のひとつとして
｢旗」があるのだということをお忘れなく。