JSLは、この年から秋春制に移行。それに合わせてJSL1部は秋春制（1986/1987年）シーズンに移行したが、JSL2部は1986年シーズンのみで行われた。JSL2部が秋春制に移行するのは、翌1987年シーズンから。

第22回JSL2部は、16チームが、前期リーグ、後期リーグに分かれて開催。

前期リーグでは、東ブロック、西ブロックに分かれて開催。後期リーグは、前期リーグの順位により、上位リーグと下位リーグに分けて開催。前期・後期で勝敗は引き継がない。

後期リーグは、上位リーグ参加チームの年間順位1位〜6位が確定。なので、1位〜6位順位決定リーグともいえる。

1986年JSL2部順位表

最終順位

順位	チーム
1	住友金属
2	トヨタ
3	田辺製薬
4	西濃運輸
5	東芝
6	大阪ガス
7	甲府クラブ
8	コスモ石油
9	新日本製鐵
10	富士通
11	全日空横浜
12	川崎製鉄水島
13	東邦チタニウム
14	NTT関西
15	TDK
16	京都府警

1986年JSL2部後期リーグ順位表

上位リーグ

順位	クラブ	勝点	試合	勝利	引分	敗戦	得点	失点	得失差
1	住友金属	22	14	9	4	1	20	4	16
2	トヨタ	16	14	6	4	4	19	12	7
3	田辺製薬	14	14	3	8	3	11	9	2
4	西濃運輸	14	14	4	6	4	9	11	-2
5	東芝	13	14	4	5	5	12	11	1
6	大阪ガス	12	14	5	2	7	12	20	-8
7	甲府クラブ	11	14	5	1	8	12	15	-3
8	コスモ石油	10	14	3	4	7	8	21	-13

1986年JSL2部前期リーグ順位表

東ブロック

順位	クラブ	勝点	試合	勝利	引分	敗戦	得点	失点	得失差
1	東芝	23	14	10	3	1	24	7	17
2	住友金属	21	14	9	3	2	36	9	27
3	甲府クラブ	15	14	6	3	5	15	15	±0
4	コスモ石油	14	14	5	4	5	17	15	2
5	全日空横浜	13	14	4	5	5	20	18	2
6	富士通	13	14	6	1	7	16	20	-4
7	東邦チタニウム	12	14	4	4	6	13	19	-6
8	TDK	1	14	0	1	13	8	46	-38

東芝サッカー部は、4位以内に入ったので、後期リーグは上位リーグへ。